主要派别
宁玛派（红教）
噶举派（白教）
萨迦（花教）
格鲁派（黄教）
觉囊
宁玛派（旧译派）
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宁玛派一直以来遵循莲花生大士与寂护上师最初所传的旧密咒，即便是朗达玛灭佛后，宁玛派的教法传承也与藏传佛教前弘时期的法统一脉相承。在禁佛时期是采取更为隐蔽的方式进行传授。宁玛派的教法传承，主要有三种：一远者经典传承，二近者埋藏传承，三甚深净境传承。宁玛派的教法全部包括在九乘三部里，九乘包括显三乘〈一声闻，二独觉，三菩萨〉、外密三乘（四事乘，五行乘，六瑜伽）和内密三乘(七大瑜伽乘，八无比瑜伽，九无上瑜伽)。
宁玛派以大圆满传承为主。
新译派
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新译派分成噶当派、噶举派、萨迦派三个主流。后起的格鲁派综合前人的传统，成为最强盛的派别。新译派以大手印传承为主。
噶举派
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所谓“噶举”即“口耳相传”，此派极为讲究师徒之间的口传心授，其创始者为公元十一世纪西藏玛尔巴大译师，又经玛尔巴大译师之徒米拉日巴大师，米拉日巴大师之徒冈波巴大师相传使得以发扬光大繁盛一时。玛尔巴大译师、米拉日巴大师及冈波巴大师并称为“噶举三祖”。噶举派支派繁多，有“四大八小”之说，又因玛尔巴大译师、米拉日巴大师说法时皆遵循印度、尼泊尔密教传统身着白袍，所以又被称作“白教”。
萨迦派
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西藏佛教萨迦派得名自昆族成员之一的恭却嘉波（1034-1102），于1073年在西藏西南部萨迦（原义为灰土之地）一地所建的寺院。
在对昆族父子血脉传承的授记中，珍贵上师莲花生大师和阿底峡尊者，均曾亲见萨千贡噶宁波为文殊师利的化身们所环绕—这表示所有昆族血脉中的子孙都是至高神圣的。
关于萨迦的建寺，释迦牟尼佛曾在“文殊师利本续”中预言授记：萨迦寺将使佛法在西藏盛开；而莲师的授记则是预言该寺建寺之前，将有四座舍利塔被竖立在四方以清净地基，使其成为吉祥之地。
西元1040年，尊贵的阿底峡尊者(982-1053)从印度至西藏行经此地时，曾做了多次顶礼及供养。他在山边接连感知种子字“啥”、七个种子字“迪”及种子字“吽”，因而授记该地将出现一位观世音菩萨的化身、七位文殊师利菩萨的化身，以及一位金刚手菩萨的化身，使之成为一切众生幸福的泉源。在这个佛陀与莲师授记的地方，昆恭却嘉波创建了萨迦寺，从而出现了今日所传称的萨迦巴。
此时昆族在修学宁玛传承之外，也研习流传于十一世纪西藏新传密法的理论与方法，特别以卓弥大译师（994-1078）与其弟子所传持的“道果”最为重要。
十二、十三世纪时，萨迦传承在西藏的宗教和文化生活中，跃升至显著的地位－这大部分要归功于萨迦初祖-萨千贡噶宁波（1092-1158）、萨迦二祖索南策莫（1142-1182）、萨迦三祖扎巴蒋称（1147-1216）、萨迦四祖-萨迦班智达（1182-1251）及萨迦五祖-法王八思巴（1235-1280）在弘传教证二法上的努力。昆恭却嘉波之子-萨千贡噶宁波，是观世音菩萨的化现，是殊胜的大菩萨、三界之尊，及寻求解脱者的导引。当他十二岁时，依止上师拔日大译师（1040-1111），专一不移地修持了六个月，感得文殊师利菩萨亲自现身，赐给他“离四执”的教法，于是萨千贡噶宁波于刹那间，了悟一切圆满佛道之要点皆摄含于此教法中。他还精通一切当时所有西藏、印度圣人与成就者所传授的显密教法，特别是他持有印度大成就者毘瓦巴道果远近传承。 他的儿子索南策莫证悟一切成就之内相，亲见诸多本尊并拥有天眼通，能同时在不同地方示现六种色身传法与灌顶，圆寂时化为虹光身消失在一片光明中，即身圆满究竟佛果。
索南策莫的弟弟扎巴蒋称，十一岁时即昇座说法、辩才无碍；每日毫无间断地禅修七十种密法，曾以神通阻止日蚀发生，具足前往不同佛刹的能力。 扎巴蒋称的侄子—萨迦班智达庆喜幢，是萨迦派和汉地渊源之始。他是文殊师利的化身，能立刻通晓一切教法，并获得清晰的理解，对其他知识亦然。他从无数印度、尼泊尔、喀什米尔和西藏上师处受教。透过研习、深思和禅修，成为一位深广的智慧藏者，与精通一切教法的大师，并进一步透过教授、辩论和著书立说显扬正法。
萨迦班智达是第一位在辩论中，大败印度外道学者的西藏人，声誉因此遍扬全印度。他同时也是西藏第一位三因明和十明的逻辑探究传承之创始者。 法王八思巴是贤劫千佛第五十五佛的化身，他和叔父萨迦班智达一起到汉地，后来受到元世祖忽必烈的邀请，在汉地弘扬佛法利益众生。有次对七万僧侣传法时，八思巴藉著精湛的辩论，击败七位精通仙术的外道，并使之转而皈依佛法。元世祖忽必烈在帝师之外，另封大宝法王，使八思巴首开大宝法王册封先例，并为元明二朝沿用为册封西藏佛教领袖的最高封号。
使八思巴成为藏区三地的宗教和政治领袖，萨迦王朝由此确立。 从那时起，萨迦传承和它的两个主要支派－由哦千贡噶桑波（1382-1457）创立的哦支派，和茶千罗桑嘉措（1494-1556）所创立的茶支派，便以无数赫赫有名的瑜伽士和学者以为严饰。现在的萨迦传承，在第四十一任萨迦法王（1945-）的慈悲领导下，正往西藏以外的印度、东南亚、北美和欧洲等地播种扎根。
噶当派
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噶当派创建于1056年。藏语“噶”指佛语，“当”指教授。“噶当”意为用佛的教诲来指导凡人接受佛教道理的意思，故称“噶当派”。
格鲁派
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15世纪初，宗喀巴及其弟子贾曹杰、克主杰等延续噶当派教法，创立格鲁派。下传达赖、班禅两大系，为现今藏地盛行的一大密宗教派。
觉囊派
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因在觉囊县建立的觉囊寺，发展起来故纪念叫觉囊派。 觉囊派所持之法是释迦牟尼佛亲自传授的一切密法，因而觉囊派也是释迦牟尼佛所讲一切密法精华重要的一支。